تیم ایجاد خود را coronavirus آزمون برای پر کردن شکاف

یک تیم ایجاد کرده است خود را coronavirus آزمون به آدرس کمبود در تست ظرفیت.

پیمایش توییتر در اواخر شب در مارس 12, بوستون دانشگاه جورج مورفی متوجه جان جیر که از خوراک خود را دوست و همکار پژوهشگر لی Starita از دانشگاه واشنگتن است. او درخواست شد برای آزمایشگاه ادراک داوطلبان برای کمک به روند coronavirus آزمون بود که هیئت منصفه تقلب توسط سیاتل آنفولانزا مطالعه است.

“اگر شما می آیند تا با یک نتیجه آزمون که منجر به تصمیم گیری بالینی آن را به سمت راست…”

به عنوان دو تن از دانشمندان شروع به تبادل مستقیم پیام ها در مورد آنچه اتفاق می افتد در سیاتل—اولین کانون به ظهور در گسترش SARS-Cov-2 ویروس مسئول COVID-19 عفونت—مورفی, codirector از مرکز پزشکی بازساختی (CReM) در دانشگاه بوستون پزشکی دانشگاه احساس سپیده تحقق است که همان سرنوشت خواهد بود به زودی بر منطقه بوستون و دانشگاه خود تدریس بیمارستان بوستون مرکز پزشکی (BMC).

در سراسر کشور و در شهر بوستون وجود دارد خواهد بود به اندازه کافی coronavirus آزمون از مراکز کنترل بیماری و پیشگیری (CDC) برای رفتن به اطراف. محققان و پزشکان نیاز خود را برای توسعه بالینی اعتبار آزمون به فرصت مبارزه.

“او به من گفتن بود خود داستان جنگ نیاز به انجام inhouse تست مرور دولتی محدودیت” مورفی می گوید. “آن من فکر کردم شاید ما باید به فکر کردن در مورد تلاش برای انجام چیزی در اینجا.”

Researchers look into glass-protected hoods to work on the coronavirus test
مرکز پزشکی بازساختی محققان Aditya Mithal کلر برگس و اندرو McCracken آماده سازی نمونه های جمع آوری شده از بوستون مرکز پزشکی بیماران مشکوک به آلوده رمان coronavirus. (اعتبار: Aditya Mithal/بوستون ایالات متحده)

‘ایستاده’ جدید کروناویروس آزمون

روز بعد, مارس 13 مورفی ملاقات با کریس Andry صندلی پاتولوژی در دانشکده پزشکی BMC.

“ما بحیث یک برنامه را امتحان کنید و ‘شوی’ خود ما [coronavirus آزمون],” مورفی می گوید. ایستادن در بالينی جهان توصیف فرایند پیچیده جدید برای دریافت آزمون تشخیصی معتبر و تایید شده با توجه به دقیق مقررات سازمان غذا و دارو. “اگر شما می آیند تا با یک نتیجه آزمون که منجر به تصمیم گیری بالینی آن را به حق” او می گوید.

مورفی و Andry جلسه لگد کردن یک هفته-plus-طولانی سراسیمگی در حدود ساعت, فعالیت, به عنوان CReM محققان—بسیاری از خود آزمایش در حال حاضر توقیف اجتماعی فاصله تلاش—داوطلب در droves به طراحی یک inhouse COVID-19 آزمون از ابتدا. نیروهای آنها با یک تیم از تکنسین آزمایشگاه بالینی به رهبری نانسی میلر رئیس و نایب رئیس باشگاه آزمایشگاهی پزشکی. آنها همچنین تکیه بر مشاوره از دانشمندان همکار در بیمارستان عمومی ماساچوست گسترده موسسه MIT و هاروارد و دانشگاه واشنگتن است.

“بهترین دوستان من در حال رفتن به جنگ.”

تمام گفته ها بیش از 50 داوطلب swarmed به CReM از سراسر BU پزشکی دانشگاه مشغول به کار در شیفت برای اطمینان از مناسب اجتماعی فاصله. با پایان هفته خود را در کار گروهی به اوج خود رسید در یک-از-نوع coronavirus آزمون است که می تواند تف برگشت یک نتیجه مثبت یا منفی را در کمتر از 24 ساعت. خدمه از همکاران است که در حال حاضر پردازش ده ها بسیاری از این آزمون ها هر روز انجام همه BMC را COVID-19 تست و ساخت برنامه ای برای حتی بیشتر سطح شیب دار تا ظرفیت.

“ما repurposed کل CReM,” مورفی می گوید از دولت از هنر سلول های بنیادی در آزمایشگاه. یک شبه آن محققان تبدیل تسهیلات به موقت مرکز فرماندهی و نمونه سازی خط مونتاژ برای coronavirus تست. در ضمن در BMC بیماران شروع صعودی به بیمارستان با علائم اتصالات مشخصات رمان coronavirus. پزشکان مواجه agonizingly تاخیر طولانی انتظار برای بیماران COVID-19 نتایج آزمون با تکیه بر دولت و تجاری labs به اعتبار سواب در عرض پنج تا هفت روز.

“این خطرناک برای بهداشت و درمان کارگران اگر آنها بی اطلاع هستند و کسی آنها در حال درمان است coronavirus” مورفی می گوید. “داده ها است که پزشکان نیاز به تصمیم گیری یا قرنطینه بیماران و یا این که آیا به استفاده از با ارزش رو به کاهش منابع [تجهیزات حفاظت شخصی] زمانی که آنها لازم نیست. اگر ما می توانیم [دریافت] نتیجه سریع تر, که همچنین محافظت از ما دوستان و عزیزان از CReM دانشگاه و اطراف که در حال رفتن به کلینیک. بهترین دوستان من در حال رفتن به جنگ.”

‘تلاش قهرمانانه’

یکی از این دوستان شامل CReM مدیر دارل Kotton یک زیست شناس سلول های بنیادی, Boston University School of Medicine استاد پزشکی و ریوی/مراقبتهای پزشک در BMC. او به گزارش باشگاه را به بخش مراقبت های ويژه در چهار شنبه, مارس 25 برای خدمت به عنوان یک پزشک متخصص در کنار دیگر پزشکان و پزشک-دانشمندان از بو پزشکی دانشگاه جامعه. وجود او در حال انجام همه چیز را او می تواند به نگه داشتن بیماران زنده که رفته اند به نارسایی تنفسی از COVID-19 عفونت است.

“…آن بوده است استثنایی و تلاش قهرمانانه—ساخته شده آن را یک تفاوت بزرگ برای بیمارستان پاکسازی کلید اولیه مانع است که مواجهه ما…”

“زمانی که برای اولین بار در بيماران بستری برای BMC با COVID-19 ما تا به حال یک سیستم بحران در تست پهنای باند” Kotton می گوید. “تست فرستاده که نبودند تبدیل به اطراف [به سرعت]. بیمارستان بود و گرفتار. بنابراین من هیجان زده بود که جورج تیم در پا.”

او می دانست که پس از CReM محققان با کار مولکولی واکنش هر روز مورفی تیم می تواند کمک کند. “[دیدن آنها تیم] با کریس آن بوده است استثنایی و تلاش قهرمانانه—ساخته شده آن را یک تفاوت بزرگ برای بیمارستان پاکسازی کلید اولیه مانع است که مواجهه ما” Kotton می گوید.

برای شروع همکاران در زمینه آنچه به نام اضطراری با استفاده از مجوز (امارات) یک نرم افزار منتشر شده توسط FDA است که اجازه می دهد تا برای تحقیقات مراکز پزشکی و شرکت های تجاری خود را برای توسعه inhouse COVID-19 آزمون ها و پروتکل های اورژانس تایید FDA. در سراسر کشور “است که همه در تلاش برای انجام آن” مورفی می گوید. ایده این است که شما توسعه و “دامپزشک تشخیصی [تست] در یک تحقیق تنظیم و سپس حرکت آن را به استانداردهای بالینی.”

چالش ها و مشکلات

از گرفتن این تیم مواجه چندین نقاط چوک که تهدید توانایی خود را برای به دست آوردن یک inhouse تست کردن زمین. یکی از اولین مراحل در تست برای coronavirus است به استفاده از یک معرف به نام RNA ویروسی استخراج کیت برای شکستن رایگان منحصر به فرد و شناسایی ژنتیکی رشته از SARS-Cov-2 ویروس از سلول های swabbed از یک بیمار مخاط بینی یا دهان.

کسانی که منحصر به فرد SARS-Cov-2 RNA رشته هستند چه COVID-19 تست صفحه نمایش برای; اگر آنها در حال حاضر بیمار است و شما با رمان coronavirus. اما RNA ویروسی استخراج کیت در دسترس نیست—تامین کنندگان بودند backordered برای حداقل هشت هفته این تیم به سرعت در بر داشت. پس آنها را پاره پاره. “ما می دانستیم که وجود دارد دیگر معرف ما می تواند با استفاده از” مورفی می گوید.

آنها می دانستند که در سراسر BU پزشکی پردیس تن از آزمایشگاه تا به حال ذخایر گسترده با استفاده از کیت استخراج RNA. RNA که مخفف ribonucleic acid, ضروری برای همه زندگی آلی—آن را فراهم می کند دستورالعمل حذف برای تلفن همراه ماشین آلات برای تولید پروتئین ها را تشکیل می دهند که ساختار تمام سلول های بافت ها و اندام. (ویروس ها ندارد و سلول های خود را; در عوض, آنها ساخته شده از قطعات RNA در روکشی از پروتئین است. بنابراین آنها تکیه بر آلوده کردن سلول های حیوانی و انسانی را به استفاده از میزبان خود تلفن همراه ماشین آلات و فریب آنها را به خواندن viral RNA دستورالعمل برای ساخت چند نسخه از این ویروس بسیار به میزبان خطر است.) تحصیل در رشته RNA از این رو ضروری است به درک که چگونه انسان سالم ماندن و یا توسعه بیماری است. برای انجام این کار دانشمندان نیاز به جداسازی RNA از سلول ها با استفاده از انواع استاندارد استخراج RNA کیت.

“من نمی خواهم بگویم دولت شکست خورده اما وجود دارد یک یاس در کیت در حال حمل به BMC…”

مورفی رسیده رودخانه چارلز به دوست و همکار دانشمند پردیس ثابتی و تیم تحقیقاتی در موسسه گسترده خود را برای کمک به کار را از طریق مشکل است. “ما درخواست شد ‘چگونه شما انجام این کار با معرف?’ ما مشغول به کار بودند از زنجیره تامین مسائل شناسایی که معرف ما قادر به آمده توسط” مورفی می گوید.

نه تنها آنها می خواهند به انتخاب چیزی است که کار می کنند در حال حاضر آنها همچنین می خواستم یک معرف آنها نمی خواهد اجرا در هفته های آینده و یا ماه.

“ما تصمیم به رفتن با استفاده از بسیار اساسی RNA extraction kit, ما می دانستیم که هر کس آن را در آزمایشگاه های خود را, بنابراین ما متصل است که به ما EUA نرم افزار” مورفی می گوید. این تیم قرار داده و از تماس با همکاران خود در سراسر BU دانشگاه پزشکی و کیت کمک های مالی آمد و جاری شدن سیل در.

مشکل با استفاده از یک غیر ویروسی خاص کیت این است که این آزاد RNA در سلول نه فقط RNA از یک ویروس است. که muddies ها آب لازم ساخت به غربال کردن از طریق بسیاری از به طور معمول اتفاق می افتد و سطح انسان RNA است که در حفظ سلول های ما به درستی برای پیدا کردن هر مقدار از SARS-CoV-2 RNA. درست مثل هر تشخیصی تست coronavirus آزمون نیاز دارد به یک آستانه خاص از SARS-Cov-2 RNA را به دنبال نتیجه است. “شما باید قادر به گرفتن به اندازه کافی viral RNA از نمونه به تقویت و تشخیص آن” مورفی می گوید.

کار در سراسر ساعت

در CReM این تیم به سختی در زمان استراحت برای خواب. دانشجویان تحصیلات تکمیلی دانشکده محقق فوق دکترا کارکنان تکنسین—در آن همه چیز دست به دست در عرشه. ریچارد Giadone یک BU تحصیلات تکمیلی محقق روز دور از دفاع از تز دکترای خود را بیش از زوم وجود دارد در سراسر ساعت. “او بخش مهمی از توسعه تیم است که ایجاد یک FDA تایید شده COVID-19 آزمون در یک هفته” مورفی می گوید.

یک CReM اتاق کنفرانس شد, ماموریت کنترل, که در آن محققان مشغول به کار کردن استراتژی های جدید را امتحان کنید بهینه سازی اولیه RNA extraction kit به یک عملی فرآیند برای جداسازی SARS-Cov-2 RNA. روی میز قهوه و تنقلات پهن بود در مورد این تیم کار خیلی دیوانه وار آنها میدان رفت و بدون وعده های غذایی برای روز. بر در و دیوار وایت برد های هوشمند به سرعت پر از وعده محاسبات و یادداشت ها برای عیب یابی هر تلاش. در آزمایشگاه محققان سعی میکرد از هر تازه درک ترکیبی از تکنیک های امید در حال توسعه یک پروتکل مناسب با منابع محدود در دسترس است.

“ما بعد کار را به سلول های بنیادی نه تشخیص” مورفی می گوید. “آن را مانند ما تبدیل CReM به یک شرکت راه اندازی برای حل این مشکل است. در حالی که همه ما در حال کار از اتاق های جداگانه اجتماعی را حفظ فاصله هرگز بیش از سه نفر در یک زمان در همان منطقه است.”

در روز این تیم کشف کرد که 150 microliters RNA استخراج راه حل در ترکیب با مواد دیگر و چندین دست در مراحل تولید به اندازه کافی RNA ویروسی برای تشخیص SARS-CoV-2.

“ما ساخته شده یک brute-force استخراج RNA روند ما در حال اجرا نمونه ها از طریق چرخش ستون شستشو و رادیولوژی نمونه به [PCR] صفحات” مورفی می گوید. PCR مخفف polymerase chain reaction یک فرایند اتفاق می افتد که در داخل یک آزمایشگاه ماشین—نام thermocycler—به میلیون ها یا میلیاردها نسخه از مواد ژنتیکی است. در این مورد تکثیر میزان RNA ویروسی در نمونه بالا به اندازه کافی مقدار که یک تست می تواند تشخیص SARS-CoV-2 فقط از یک تعداد انگشت شماری از بیمار سلول های اصل گرفته شده توسط سواب پنبه.

یک CReM bioinformatician تیلور مات نوشت: یک نرم افزار اسکریپت است که اجازه می دهد تا تیم به خواندن داده ها از آزمون های آینده به طور مستقیم از thermocycler اجازه می دهد آنها را به طور آزمایشی دیدن نتیجه قبل از نمونه فرستاده می شود تا چهار طبقه به باشگاه آسیب شناسی که در آن نتایج به طور رسمی تایید شده توسط پزشکان.

“طول می کشد تا یک روستا” مورفی می گوید. “ما شروع کردن با مردم از خود من CReM اما ما بلافاصله می دانستند که ما نیاز بیشتر مردم پس از ما شروع onboarding بیشتر کمک کند.” پشت صحنه, از جدا ایمنی از خانه های خود داوطلبان بسیج برای جذب محققان دیگر عادت کرده اند به در حال اجرا PCRs خود را برای آزمایش.

زیست شناسان مولکولی از سراسر محوطه دانشگاه باید جلو پا گرفتن پاک BMC بخش منابع انسانی برای کار با نمونه های بالينی. “شما نمی توانید فقط نشان می دهد و آن را انجام دهد, شما باید برای تبدیل شدن به یک BMC-بررسی کارمند” مورفی می گوید. “رویه وجود دارد چیزهایی که نیاز به اتفاق می افتد برای تبدیل یک پایه علمی محقق به یک تکنسین آزمایشگاه بالینی.”

قبل از آنها می تواند کار با نمونه های بیمار, BMC به سلامت خود را بررسی کنید تاریخ و مطمئن شوید که واکسن تا به امروز است. ده ها تن بر ده ها تن از این داوطلبان پس از بررسی, خواهد هیات CReM حدود ساعت پس inhouse COVID-19 آزمون حفظ ریختن نتایج. در حالی که همه فقط پایین خیابان BMC پزشکان را با استفاده از آن سریع-چرخش نتایج جستجو برای تصمیم گیری است که می تواند زندگی را نجات دهد.

“من نمی خواهم بگویم دولت شکست خورده اما وجود دارد یک یاس در کیت در حال حمل به BMC” مورفی می گوید. “این علم در آن بهترین زمانی که همکاران با هم برای توسعه inhouse پروتکل با استفاده از تخصص خود را به طور مستقیم تحت تاثیر مراقبت از بیمار در طول بهداشت عمومی اورژانس.”

مهمتر از همه او می گوید: در خط با CReM فلسفه از انجام “منبع باز” زیست شناسی و داده های خود را در دسترس برای همه inhouse coronavirus تست پروتکل توسعه یافته توسط این تیم در حال حاضر آزادانه در دسترس در سراسر جهان علمی جامعه است.

مورفی می گوید هر کسی که علاقه مند در این پروتکل می توانید در توییتر: @DrGJMurphy.

منبع: دانشگاه بوستون

tinyurlis.gdv.gdv.htu.nuclck.ruulvis.netshrtco.detny.im

Leave a reply

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>